全基因组的ANI分析

Average Nucleotide Identity (ANI) 全称Average nucleotide identity，即平均核苷酸多态性，主要用于在全基因组水平间评估物种间的亲缘关系，ANI值为95%被视为界定种的标准。
2018年1月1日起，微生物系统分类的国际权威《International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology》在其官网发布新闻“Genome sequencing data required with Taxonomic Deions”，国际系统与进化微生物学杂志(IJSEM)要求作者提供基因组测序数据，并在分类学描述中提供新的分类单元的描述。目前分类单元确定常用的方法主要有DNA-DNA杂交(简称DDH)，16S rRNA鉴定以及ANI分析。DDH分析复杂耗时，16S rRNA 鉴定存在局限性（如某些物种的16S rRNA相似度高达99%，但DDH值却很低），因此ANI在当前具有更高的可信度。相同物种的基因组ANI大于95%，不同物种的基因组ANI小于95%，因此常以95%的ANI作为物种划分与物种聚类的标准。

JSpeciesWS提供在线的ANI分析，主要分析步骤如下：

1.获取基因组数据。主要来源于NCBI数据库（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank或者https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome）
JSpeciesWS提供基因组数据（http://jspecies.ribohost.com/jspeciesws/#genomesdb），可在网页中通过TCS检索后加入到比对序列中。

2.上传基因组数据。点击页面中的Start an Analysis （http://jspecies.ribohost.com/jspeciesws/#analyse），进入数据提交界面，将FASTA格式或经压缩成zip格式的压缩文件上传至系统。


3.开始分析。多种分析模式，可根据需要选择。填入邮箱，系统分析完成后将向邮箱发送信息，包括结果获取码（Session code）。

ANIm：使用 MUMmer (NUCmer) 比对序列
ANIb：使用 BLASTN+ to 比对序列的 1020nt 片段
TETRA：计算每个序列的四核苷酸的频率

4.数据获取。每次分析产生一组会话代码（Session code），将该代码输入首页中Reload a session用于获取分析结果。结果可以csv格式下载保存。