很多计算化学软件在进行运算时需要使用PDB格式的化学结构,本文介绍在线制作PDB格式的分子结构文件,方便运用。
研究小组网站首页"快速链接”中点击“CORINA”进入在线制作PDB页面。
第一步:阅读说明,英文不好的按以下步骤分别操作
点击“Creat Molecule”,会打开一个新的浏览页面。见第二步。
第二步:打开的新页面如下图所示,可以绘制各种分子结构。
第三步:如图,已经绘制完成一个分子式,绘制完成后点击“Transfer”,将分子信息传输到第一步的页面中。
第四步:“Creat Molecule”前的空格中已经显示新分子的结构,点击“Submit”,生成PDB分子结构。
第五步:等待生成PDB分子结构。需要加载和运行Java程序。
第六步:生成的分子结构如下,点击下方的“Download 3D structure as PDB file”进入保存。
第七步:保存PDB文件。
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