微生物次生代谢物合成基因簇检索（antiSMASH）

发布日期：2022-03-05 15:31 来源：研究小组作者：AgroIPM 浏览次数：

antiSMASH数据库主页：http://antismash.secondarymetabolites.org/

1.直接分析NCBI的基因组
访问NCBI主页 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
检索某细菌：类型选择“Genome”，检索细菌；
找ID：页面中没有基因组序列的ID，点击genome链接会下载该基因组，右键复制链接中菌株的ID；
在Antismach主页中找NCBI acc#处，填写NCBI ID，点Submit提交即开始运行。

2.上传新细菌基因组
访问 http://www.at-sphere.com/，这里有几百个新测序的细菌基因组；
点击左侧 assemblies 链接，会出现细菌列表；
下载Leaf1，解压后为.fna的fasta文件；
AntiSmach页面选择Upload file；
直接选择上传文件，并submit即可。

3.结果说明
基因组分析结果中，Select Gene Cluster为找到的基因簇的列表，共有93个，其中高亮的有次级代谢产物相关，灰度一般为基础代谢物，如糖、脂等；
Identified 下面为详细的列表；
点击上方簇编号可看到每个簇的详细结构和基因注释；
有基因结果图，每个基因注释，可以鼠标悬停显示，下方会显示相近的微生物基因结构。

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