OrthoVenn2: a web server for whole-genome comparison

发布日期：2022-03-05 15:23 来源：研究小组作者：AgroIPM 浏览次数：

OrthoVenn2: a web server for whole-genome comparison and annotation of orthologous clusters across multiple species

OrthoVenn2：一个用于多物种全基因组直系同源基因簇比较和注释的在线工具
文献链接：https://academic.oup.com/nar/article/47/W1/W52/5485531?login=false

物种全部基因「泛基因组」可分为三个部分包括核心基因组（core genome），附属基因组（accessory genome）以及特有基因（specific genes）。核心基因组即所有个体共有的保守基因家族；附属基因指存在于部分个体中的基因家族，与物种的分化有关，赋予个体竞争优势；特有基因只存在于某一个体中，通常与该个体的独特表型相关，如对特定环境的适应性或独特的致病性等。比较分析某一类物种的直系同源簇为了解基因组的动态、物种进化、环境适应性机制等提出了有用信息。

OrthoVenn2工具可用于多物种全基因组直系同源基因簇比较和注释。OrthoVenn2在OrthoVenn v 1.0基础上进行了全新升级，性能、数据库、分析及结果展示方面都有很大的提升。OrthoVenn2基于OrthoMCL启发式匹配算法，用DIAMOND进行比对，比传统的BLAST算法速度提高了1万倍，而且相比之前的版本数据库资源更加丰富，单次在线分析的上限物种数量提高了一倍（12个）。
软件下载地址：https://orthovenn2.bioinfotoolkits.net/

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