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OrthoVenn2: a web server for whole-genome comparison

发布日期:2022-03-05 15:23 来源:研究小组 作者:AgroIPM 浏览次数:

OrthoVenn2: a web server for whole-genome comparison and annotation of orthologous clusters across multiple species 

Nucleic Acids Research, Volume 47, Issue W1, 02 July 2019, Pages W52–W58, https://doi.org/10.1093/nar/gkz333
OrthoVenn2:一个用于多物种全基因组直系同源基因簇比较和注释的在线工具
文献链接:
https://academic.oup.com/nar/article/47/W1/W52/5485531?login=false


物种全部基因「泛基因组」可分为三个部分包括核心基因组(core genome),附属基因组(accessory genome)以及特有基因(specific genes)。核心基因组即所有个体共有的保守基因家族;附属基因指存在于部分个体中的基因家族,与物种的分化有关,赋予个体竞争优势;特有基因只存在于某一个体中,通常与该个体的独特表型相关,如对特定环境的适应性或独特的致病性等。比较分析某一类物种的直系同源簇为了解基因组的动态、物种进化、环境适应性机制等提出了有用信息。
 OrthoVenn2工具可用于多物种全基因组直系同源基因簇比较和注释。OrthoVenn2在OrthoVenn v 1.0基础上进行了全新升级,性能、数据库、分析及结果展示方面都有很大的提升。OrthoVenn2基于OrthoMCL启发式匹配算法,用DIAMOND进行比对,比传统的BLAST算法速度提高了1万倍,而且相比之前的版本数据库资源更加丰富,单次在线分析的上限物种数量提高了一倍(12个)。
软件下载地址:https://orthovenn2.bioinfotoolkits.net/

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