SRA数据上传至NCBI的方法

发布日期：2022-08-30 08:58　浏览次数：

Sequence Read Archive (SRA)是世界上最大的高通量测序数据库，该数据库可用于上传未组装的高通量测序序列，主要包括宏基因组以及扩增子项目。

1.进入上传页面
点击https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/进入NCBI数据库上传页面，可上传SARS-CoV-2、16S rRNA、genome、ITS和SRA等数据。

点击右上角Log in登录，若无账号或第三方关联账号则需要注册一个账号。

2.打开SRA上传页面，进入上传流程
点击链接https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/进入上传流程。
上传可按BioProject→BioSample→Sequence Read Archive顺序进行创建，后一项内容填报中会使用到前一项创建的编号，如BioSample填写时会使用到BioProject（项目号），或者直接由Sequence Read Archive进入创建。

建议由Sequence Read Archive直接进行创建。
第一步：样品上传者信息

第二步：样品整体信息

第三步：项目信息

第四步：SRA列表信息（下载模板后填写）

3.按要求在模板中依次填写各项参数
采用不同的上传流程使用的列表文件模板不同，务必下载当前流程中的模板文件进行填写。（文件中各列表头均有填写要求说明）
常见问题：1. organisim列中各名称重复；2. 日期格式不对； 3.列表中输入了中文字符；4. 经纬度格式不对。数据格式不正确将提示出错，需要重新修正后上传。
关于微生物样本类型的选择：“Microbe”是单菌或单独分离培养物种需要选择类型，微生物项目是混合菌的样本，要选择"Metagenome or environmental sample"

4.使用FTP上传原始数据

下载FileZilla软件（https://pan.baidu.com/s/1-G9d706FAvcdF1LLPSnObA?pwd=n0lu，提取码：n0lu），安装完成后输入系统给出的FTP登录名、账号和密码，见上图中所示位置（同一NCBI登录帐号的登录名、账号和密码均相同），端口写21即可。
FTP登录后页面显示为空白，按提示将NCBI提供的上传目录复制到FTP的访问目录中，并在该目录下新建一个文件夹用于存放上传的数据。
主机填写Address，若读取目录列表失败，可以在远程站点处手动输入路径。

5.登录号的获得
所有步骤完成后，进入https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs查看相应的BioProject号PRJNAXXXXXX。
根据数据的大小，上传完毕的数据系统处理所用的时间有所不同。

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