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MEGA 5构建系统发育树

时间:2014-11-06 11:01
来源:未知
作者:AgroIPM
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内容介绍
1. 准备序列文件
准备fasta格式序列文件(fasta格式:大于号>后紧跟序列名,换行后是序列。举例如下)。每条序列可以单独为一个文件,也可以把所有序列放在同一文件内。
核酸序列:
>sequence1_name
CCTGGCTCAGGATGAACGCT
氨基酸序列:
>sequence2_name
MQSPINSFKKALAEGRTQIGF
 
2. 多序列比对
打开MEGA 5,点击Align,选择Edit/Build Alignment,选择Create a new alignment,点击OK。
 

这时需要选择序列类型,核酸(DNA)或氨基酸(Protein)。
 

选择之后,在弹出的窗口中直接Ctrl + V粘贴序列(如果所有序列在同一个文件中,即可全选序列,复制)。也可以:点击Edit,选择Insert Sequence From File,选择序列文件(可多选)。
    

序列文件加载之后,呈蓝色背景(为选中状态)。点击按钮 ,选择Align DNA(如果是氨基酸序列,则会出现Align Protein)。弹出的窗口中设置比对参数,一般都是采用默认参数即可。点击OK,开始多序列比对。
  

比对完成后,呈现以下状态。
 

这时需要截齐两端含有---的序列:选中含有---的序列,按键Delete删除(注意:两端都需要截齐)。截齐之后,保存文件为:filename.mas
 

3. 构建系统进化树
多序列比对窗口,点击Data,选择Phylogenetic Analysis,弹出窗口询问:所用序列是否编码蛋白质,根据实际情况选择Yes或No。此时,多序列比对文件就激活了,可以返回MEGA 5主界面建树了。
 

 
MEGA 5主界面。点击Phylogeny,选择Construct/Test Neighbor-Joining Tree…弹出的对话框询问:是否使用当前激活的数据,选择Yes。这时弹出建树参数设置对话框,更改No. of Bootstrap Replications为1000,其他参数默认即可,点击Compute。
这里解释一下,Construct/Test Maximum Likelihood Tree…(ML)或Construct/Test Neighbor-Joining Tree…(NJ)或Construct/Test Minimum-Evolution Tree…(ME)为三种不同的建树方法,NJ方法最常用。
 

   
建树完成,效果如下所示。注意,要点击Bootstrap consensus tree查看树形。保存文件为filename.mts(可以用MEGA 5打开)。
 

4. 后期修改
为了美观,也是为了满足发表文章的要求,需要对进化树进行树形、字体、字号的修改。点击View,选择Options。弹出窗口中,在Tree标签中可以修改枝与枝之间的距离(Taxon Separation)、枝长(Branch Length)和树宽(Tree Width),调整至美观即可。Branch标签中,可以选择勾选“Hide values lower than %”,一般隐藏50%以下的数值。其他的参数可以自行研究,一般默认即可。
  

 
文字字体、字号的修改。
方法1:点击Image,选择Save as PDF file,保存至filename.pdf。打开软件Adobe Illustrator,文件---打开---选择刚刚保存的PDF文件。修改好之后,文件---导出---可以导出很多种类型的文件。一般选择保存成TIFF(.tif)文件,颜色模式选择RGB,勾选LZW压缩,其他默认。
方法2:点击Image,选择Copy to Clipboard。粘贴到Word中,右击进化树图片,编辑图片。即可更改字体字号。修改好可以了。或者进一步导出图片格式:先将该word文件打印生成PDF文件,再用Adobe Illustrator或Adobe Photoshop导出图片格式。
 

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