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PDB蛋白质结构数据库

发布日期:2020-01-26 16:32 来源:研究小组 作者:AgroIPM 浏览次数:
访问网址:http://www.rcsb.org/进行在线检索
或通过http://www.rcsb.org/structure/6GU7形式直接访问蛋白质结构数据文件,其中最后四个字符为蛋白质结构编号
 

A Structural View of Biology

This resource is powered by the Protein Data Bank archive-information about the 3D shapes of proteins, nucleic acids, and complex assemblies that helps students and researchers understand all aspects of biomedicine and agriculture, from protein synthesis to health and disease.

数据库介绍:
        PDB蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,简称PDB)由美国Brookhaven国家实验室于1971年创建,结构生物信息学研究合作组织(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,简称RCSB)维护。和核酸序列数据库(GenBank)一样,可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。
        PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库,是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。其内容包括生物大分子的原子坐标、参考文献、1级和2级结构信息,也包括了晶体结构因数以及NMR实验数据等。PDB数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(AND、OR和NOT)进行检索,可检索的字段包括功能类别、PDB代码、名称、作者、空间群、分辨率、来源、入库时间、分子式、参考文献、生物来源等项。
        PDB数据库以文本文件的方式存放数据,每个分子各用一个独立的文件。早期的入口文件文件名后缀为“.pdb”,1997年以后每1种生物大分子有1组(3个)相关文件与之对应,它们是:全文文件“.full”(相当于原来的“.pdb”文件)、书目文件“.biblio”和图形文件“.gif”。可通过FTP下载PDB数据。
        可与CSD剑桥晶体结构数据库协同使用,参见:CSD剑桥晶体结构数据库https://www.ccdc.cam.ac.uk/solutions/csd-system/components/csd/

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